Python je interpretiran splošno-namenski jezik  s katerim kahko delamo zahtevne obdelave podatkov.

Okolje module omogoča uporabnikom uporabo različnih nesistemskih programskih paketov in verzij le teh. Prvotno je sistem razvil Cray inc., sedaj pa se uporablja na večini večjih unix sistemov na katere se nameščajo novi programi, katere osnovna distribucija ne vsebuje. Za uporabnika so pomembni naslednji ukazi:

Načeloma je možno razvijati vzporedne programe na vseh platformah in pošiljati izvorno kodo za prevajanje in poganjanje tudi iz delovnih postaj uporabnikov. Običajno pa je, da se programe razvija v okolju, ki se ga tudi uporablja za izvajanje. Na HPCFS je za razvoj namenjeno nadzorno vozlišče, ki ponuja v svojem naboru že prednameščena grafična orodja za celovit razvoj aplikacij. Poleg prednameščenih orodij so nameščeni še programski paketi in knjižnice, ki jih uporabniki sami izbirajo glede na potrebe in zahtevane različice.

Za večopravilnost in razporejanje računskih virov glede na predpisano politiko poslov skrbi sistemska programska oprema SLURM (Simple Linux Utility for Resource Managment). Vzporedni posli se običajno popisujejo v skriptah ukazne školjke. Običajno je, da se celoten nadzor opravlja iz ukazne vrstice. Najbolj pogosti ukazi so:

Prednosti TotalView za paralelno razhroščevanje so v

• Posebno jedro ki ni GDB z majhno velikostjo
• Pisanje ukazov za debugiranje kar v samo kodo (script debugging)
• Ponovitev ukazov za nazaj oz. vračanje v preteklost s cirkularnim pomnilnikom (reply engine)

Licenciranje je po toknih, ki se lahko delijo z licenčnim strežnikom. Vsak token je ekvivalenten enemu procesu. Tako lahko npr. 12 toknov porabita dva uporabnika vsak po 6 procesov od katerega je tudi interaktivna seja šteta kot proces.

PPGPLASMA benchmark

Razvita programska koda je za namene primerjave različnih superračunalnikov služila tudi za izbor arhitekture HPCFS. Ker je koda predvsem računsko intenzivna se je izkazalo, da vključeno nitkanje z navideznimi jedri (hyperthreading) na procesorjih Intel bistveno pomaga k hitrosti izračunavanja. Pospešek zaradi hyerthreadinga je lahko tudi do 50%.  Teste smo izvajali tudi na naslednjih evropskih sestavih: